憩いの場

Anthy

事実上のLinux標準日本語入力システムです。学習保存量の上限が小さく、覚えたことをすぐに忘れてしまうのが難点

Modified Anthy

改良パッチで学習データ量を増やし、辞書を強化したAnthy

Canna

Anthyが生まれる前はこれが標準

FreeWnn

Wnnが製品化される際に、それより以前のバージョンをオープンソース化してくれた物。文節区切りを学習しない?

SJ3

ソニーが作った日本語入力システムです

Whiz

ソースは未公開でバイナリ配布のみ。今のところ個人辞書の追加・単語登録ができず、学習機能も不完全。ホームディレクトリにroot所有のディレクトリを作るのはやめて欲しい。今後に期待

Social IME

単語・語彙は頭一つ抜けて多い。単語・文節単位で変換する人は選択肢に入れても良いかも。予測変換を有効にすると遅くて嫌い

SKK

単語の区切りを自分で指定します。「今日は雨だった」という結果を得たいなら「Kyou<space>haAme<space>datta」とする。変換したい箇所でShiftを押すわけですな。連文節変換をしない人はこれが最強?

PRIME

予測変換を前提とした日本語入力システムです。なかなか快適なので試してみる価値はある。Modified Anthyの辞書を使えばもっと良くなるかも。作者の小松弘幸さんがGoogleに入社してから（Google日本語入力の開発者の一人）更新が止まってしまって残念

WXG for Linux/FreeBSD

人気があったWX(WXG)のLinux版。βバージョンがフリーソフトとして公開されたが、開発途中で会社が解散、消えてしまったらしい。なぜか今でも龍谷大学の某研究室のページでダウンロードできる。古すぎて最近のディストリビューションで動かすのは難しいです

Mozc

Google日本語入力のオープンソース版。特にこだわりがなければこれを使えば良いと思う

ここからは有償の製品

ATOK X for Linux
ATOK for Linux
ATOK X3 for Linux

ご存知、ATOKのLinux版です

ATOK 2010 for Windows

wimeを使えばLinuxでも動くとのこと

Wnn8

オムロンが開発している日本語入力システムです。Wnn8 for Ubuntuというものもある

VJE-Delta for Linux

昔、Linux版があったらしい

≪追記≫
いつの間にか「変換能力比較表」を消してしまいました。そのため、タイトルを「Linuxの日本語入力システムの変換能力比較」から「Linuxで使える日本語入力システム」に変更。その他書き換え

≪追記≫
なつめというCanna互換の変換サーバもあります。